MBZHR ka ngritur një grup pune për të audituar mënyrën e procesimit dhe miratimit të lejëve të dhena nga Këshilli i Baseneve Ujore, nëpërmjet Agjencive të Baseneve Ujore. Nga auditimi është gjetur se: gjatë vitit 2016-2017 janë dhenë 52 vendime në lidhje me shfrytëzimin dhe rehabilitimin e burimeve ujore. 

Nga këto vendime, 42 prej tyre janë lejë për rehabilitimin e lumenjve, të dhëna nga Keshilli i Baseneve Ujore pa asje bazë ligjore. Si pasojë edhe propozimet për dhenien e këtyre lejeve nga ABU janë bërë në kundërshtim me ligjin. 

MBZHR, menjëherë mbas përfundimit të auditimit ka bërë kallëzim penal për 4 drejtues dhe ish-drejtues të Agjencive të Baseneve Ujore si dhe ka larguar nga puna 2 drejtues të këtyre agjencive. Zyrtarët e kallëzuar janë Isuf Myrtaj, Martin Pëllumbi, Astrit Nikolla dhe Erald Sejdini.

Gjithashtu ju kërkua Këshillave të Baseneve Ujore shfuqizimi i të gjitha lejeve të dhëna në kundërshtim me ligjin (42). Deri më sot rezulton të jenë shfuqizuar 21 lejë (në Seman dhe Shkumbin).