Edhe pse është shteti më i vogël në botë, historia e Vatikanit shtrihet në shekuj dhe është e mbushur me shumë skandale e sekrete të errëta.
Një histori e hershme plot polemika na rikthen përsëri në shekullin e 11-të dhe ka të bëjë me Papën më të diskutueshëm midis 266 prej tyre.
Benedikti IX mbahet mend si Papa i parë që dha dorëheqjen nga froni në vitin 1036, vetëm katër vjet pasi u ul në moshën 20- vjeçare. Por Benedikti IX u rikthye dhe në maj 1045 dhe i shiti Papatit kumbarin e tij, Gjon Gratian.
Papa mund ta japë dorëheqjen, por sipas parimeve detyrën e tij duhet ta përmbushë deri në ditën e vdekjes. Pesë papë kanë dhënë dorëheqjen bashkë me Benediktin IX.
Sipas dy burimeve, një nga arsyet pse ai vendosi të linte detyrën ishte që të martohej, por kjo nuk ndodhi kurrë. Ai gjithashtu akuzohej për sjellje seksuale të devijuara, përfshirë origjitë me burra, gra dhe kafshë.
Sipas medias së huaj, Papa Victor III shkruajti për përdhunimet, vrasjet dhe veprimet e tjera të papërshkrueshme të Benedikti IX dhe është shprehur se dridhej kur mendonte për të.
"Lëshimi i memorandumeve të brendshme të Vatikanit, zbuloi se përpjekjet e Benediktit për të reformuar kishën, si sigurimi i transparencës në skandalin global të abuzimit të seksit dhe administrimi i bankës së Vatikanit, ishin nën kontroll nga politika e brendshme," shkruante Atlantiku dy vjet pas dorëheqjes së Papës Benedikti XVI.
Ndëshkimi Apostolik, i quajtur ndryshe "Gjykata e Ndërgjegjes" është organi i veçantë i Kishës Katolike që merret me mëkatet.
Natyra e këtyre mëkateve të rënda u zbulua vetëm në 2009 dhe u komentua si një hap i shkëlqyer drejt transparencës nga Vatikani.
Shumë skandale të Vatikanit lidhen me paratë dhe skandali i Banka Ambrosiano është ai që mbahet mend nga të gjitha kohërat.
Nga viti 1971 deri në 1989, banka e Vatikanit, e cila zyrtarisht quhet "Instituti për Punët e Fesë" u kryesua nga një Arqipeshkv Amerikan, Paul Marcinkus.
Kur Marcinkus ndërroi jetë në vitin 2006, një shkrim i publikuar nga Telegrafi shkruante se 84-vjeçari i shkaktoi dëm të madh reputacionit të Kishës Katolike përmes administrimit të tij të bankës së Vatikanit, që e drejtoi për 18 vjet.
Banka Ambrosiano ishte ndër bankat më të mëdha private të Italisë dhe ra në vitin 1982, i nxitur nga një borxh i pakapërcyeshëm.
Pasi banka pushoi së funksionuari, menaxheri i saj i përgjithshëm, Roberto Calvi, vdiq ne një mënyrë të çuditshme. Trupi i tij i u gjet i varur në Blackfriars Bridge, që gjendet në Londrën qëndrore.
Dokumentet e arkivuara nga Instituti për "Veprat e Fesë", të cilat u shfaqën në fund të viteve 1990, raportohet se nazistët përdorën Vatikanin për të kontrabanduar pasuri nga plaçkitjet e tyre nëpër Evropë.
Rreth 200 milion franga, e barabartë me mbi 250 milionë dollarë sot, u derdhën përmes një vendi të quajtur "tubacioni Vatikan" në vendet e strehimit nazist siç ishte Argjentina.
Vatikani fitoi sovranitet vetëm në vitin 1929, pasi kishte nënshkruar marrëveshjen me Benito Mussolinin, e cila i dha fund një mosmarrëveshje të vjetër midis Kishës Katolike dhe qeverisë italiane.