Shkarkimi i Besim Hajdarmataj nga detyra e drejtuesit të Prokurorisë së Krimeve të Rënda, lidhet me një konflikt të lindur mes tij dhe kryeprokurores së përkohshme Arta Marku. Shkëndijat e para mes dy drejtuesve të rëndësishëm të Prokurorisë Shqiptare, kanë filluar në muajin shkurt 2018, kur në Maminas, Prokuroria drejtoi një operacion së bashku me Policinë e Shtetit, duke konfiskuar 613 kg kokakinë të fshehur në banana të ardhura nga Kolumbia.
Për këtë hetim mësohet se Arta Marku nuk ka pasur dijeni, për më tepër kryeprokurorja nuk është njoftuar në kohë nga Besim Hajdarmataj edhe pasi kishte finalizuar operacionin për bllokimin e drogës dhe arrestimin e dy personave të tjerë, dhe shpallur në kërkim pronarin Arbër Çekaj.
Mësohet se kryeprokurorja ka marrë dijeni për këtë operacion nga njoftimet në media të datës 28 shkurt 2018, ndërkohë që Hajdarmataj besohet se nuk e kishte informuar në kohë përpara. Besohet se që nga ky moment kryeprokurorja Marku ka filluar të humbë besimin për tek kreu i Krimeve të Rënda.
Për më tepër vetë Besim Hajdarmataj gjatë kohës kur drejtonte sektorin e trafiqeve tek Krimet e Rënda, vendosi të mbyllë në 2016 hetimet për Arbër Çekaj, pasi në bananet e këtij të fundit u kapën 93 kg kokainë.