Universitetet publike në Shqipëri shpenzojnë deri në 41 % të buxhetit për administratën e fryrë, ndërsa të ardhurat e parashikuara për kërkimin shkencor variojnë nga zero deri në 3.1 të buxhetit. Ky është një nga konstatimet e Kontrollit të Lartë të Shtetit gjatë auditimit të 7 universiteteve kryesore publike në Shqipëri, me temë “cilësia dhe tarifimi i shërbimeve studentore pranë institucioneve të arsimit të lartë (IAL-ve)”. Kontrolli i realizuar për vitin akademik 2017-2018, është fokusuar në Universitetin e Tiranës, Universitetin e Mjekësisë Tiranë, Universitetin Bujqësor Tiranë, Universitetin “Luigj Gurakuqi” Shkodër, Universitetin “Aleksandër Moisiu” Durrës, Universitetin “Ismail Qemali” Vlorë si dhe në Universitetin “Fan S. Noli” Korçë.
Universitetet e audituara kanë fryrë jashtë realitetit strukturat organizative, duke rritur shpenzimet mbi të ardhurat. Gjithashtu, në këto universitete, personeli administrativ dhe mbështetës është shumë i lartë kundrejt stafit akademik. Sipas raportit të KLSH, për vitin 2017-2018, Universiteti i Durrësit ka shpenzuar 41 % e të ardhurave për pagesat e personelit, Universiteti i Tiranës ka shpenzuar 25 % e të ardhurave dhe Universiteti i Universiteti i Vlorës ka shpenzuar 27 % e të ardhurave për pagesën e personelit.
Nga ana tjetër, Kontrolli i Lartë i Shtetit ka konstatuar se Universiteti i Mjekësisë Tiranë dhe Universiteti “Ismail Qemali” Vlorë nuk kanë parashikuar asnjë lekë për kërkimin shkencor. “Universiteti i Mjekësisë Tiranë për vitin 2017/18 nuk kishte planifikuar fonde për kërkimin shkencor nga të ardhurat e veta, duke e argumentuar me arsyen që kanë marrë pjesë në projekte kombëtare dhe ndërkombëtare. Por nga kryqëzimi i të dhënave të AKKSHI-t për vitin 2017 asnjë nga IAL-të subjekt i këtij auditimi nuk kanë aplikuar për projekte kombëtare pranë saj”, thuhet në raport. Sipas KLSH, vetëm Universiteti Fan. S. Noli Korçë ka parashikuar 3.1 % e të ardhurave për kërkimin shkencor.