13 vite pas shpalljes së Pavarësisë Kombëtare dhe krijimit të qeverisë së parë të shtetit shqiptar nga Ismail Qemal Bej Vlora, në 26 maj të 1925 filloi të krijohej struktura e parë e institucionit më të lartë Auditimit Publik në Shqipëri, sot nën emrin Kontrolli i Lartë Shtetëror.

Nga ligji kanunor, tek gjykata e llogarive prej fillimit qëllimi kryesor i këtij institucioni është kontrolli i shpenzimeve të qeverive për llogari të shtetit dhe paraqitja e vlerësimit, për rregullat e ligjshmërinë në Kuvend për një mirëmenaxhim të funksionimit të financave publike. Që nga ajo kohë e deri më sot në varësi të rrethanave historike dhe regjimit politik të kohës ky institucion ka pësuar ndryshime në formën e funksionimit të vet që nga objekti, vartësia dhe kompetencat për kontrollin e përgjithshëm të shtetit.

Nga viti 1925 institucioni i Kontrollit tё shtetit shqiptar ka ndryshuar 6 herё tipologjinё e emërtimit dhe modelimin e vet nga Këshilli Kontrollues emër të cilin e mbajti deri në gusht të 1946. Në maj të vitit 1959 ky institucion merr një emërtim të ri, Komisioni i Kontrollit tё Shtetit, të cilin e mbajti deri në mars 1966 ndërsa, për disa kohë po në 1959 njihej dhe me emrin Ministria e Kontrollit. Prej vitit 1966 ky organ auditimi, riorganizohet në formën e Inspektimit Shtetëror formë të cilën e ruajti deri më 22 Janar 1987 për shkak të . Në një kohë kur pozita institucionale e këtij organi në këto vite ishte e kufizuar, situata ndryshon me vendosjen e pluralizimit demokratik në Shqipëri pasi në gusht 1992 ky institucion merr atributet e një institucioni të pavarur nga qeveria nën emërtimin Shërbimi i Kontrollit tё Shtetit deri në dhjetor 1997.

Duke filluar me Lac Gerën në rrafsh historik janë mbi 30 liderë qё kanё udhëhequr veprimtarinë e kёtij institucioni tё rёndёsishёm për mirёmenaxhimin dhe administrimin e pasurive, financave dhe fondeve publike.

Me miratimin e Kushtetutës së Republikës së Shqipërisë, në tetor 1998 institucioni i auditimit financiar në vend merr emrin Kontrolli i Lartë i Shtetit për ta ruajtur deri më sot kur ky organ drejtohet aktualisht nga Kryetari Arben Shehu, prej më shumë se dy vitesh.