Më 21 tetor të vitit 2001, Ilmir Hajdari, së bashku me Xhabir Shegajn dhe Kujtim Barbullushi ekzekutuan Indrit Bajrin me armë automatike. Vetë Shegaj u ekzekutua me snajper në vitin 2015 për vrasjen e Indrit Bajrit. Në atë kohë policia bëri me dije se Ilmir Hajdari kishte debatuar me Indrit Bajrin e në grindje e sipër kishin kërcënuar njëri-tjetrin e ishin ndarë të acaruar. Ditën e ngjarjes, Ilmiri, pasi kishte marrë me vete edhe Xhabir Shegën e Kujtim Barbullushin, po udhëtonin me një makinë “Mercedes Benz”. Të tre të pandehurit ishin të armatosur me armë dhe po lëviznin nga qendra e qytetit në rrugën kryesore, në drejtim të lagjes “Partizani” (Rus). Te kryqëzimi, pranë Shkollës së Muzikës, në trotuarin pranë restorant “Podgorica”, Ilmir Hajdari vë re Indrit Bajrin dhe ky i fundit vë re atë (Hajdarin). Menjëherë ata reagojnë ndaj njëri-tjetrit dhe Ilmiri ka qëlluar në drejtim të tij. Po ashtu, ndaj Bajrit kanë qëlluar Xhabir Shega e Kujtim Barbullushi, duke i shkaktuar vdekjen e menjëhershme.
Në lidhje me këtë ngjarje (vrasjen e Indrit Bajrit), Ilmir Hajdari është dënuar me 16 vite burg. Ky i fundit është arrestuar në vitin 2009, por pas 4-5 vitesh është liruar, sepse ka deklaruar në sallën e gjyqit se nuk është ai autori i vrasjes se Indrit Bajrit.