Qëndrimi në Itali për disa vjet nuk do bënte që të harronte vendin e tij, përkundrazi ai do të ishte më i lidhur me tokën e të parëve. Në vitin 1936 Dom. Mikel Koliqi emërohet famulltar i Shkodrës dhe më pas Vikar i Përgjithshëm: bir i sigurtë i Selisë së Shenjtë.
Duke patur talentin me vlerë të muzikësm, Dom Mikeli formoi një kor të vogël në Katedralen e Shkodrës. Me notat e tij të përmallshme dhe të fuqishme në skenat e salloneve të atëhershme do të përtëriheshin zemrat e kombit për "fe dhe për atdhe" siç shprehej vetë Koliqi. Po në katedralen e Shkodrës ai themeloi, "Veprimin Katolik për rininë" , ndersa u bë drejtor i parë i revistës "Kumbona e së dielës", një reviste fetare dhe kulturore ku shkruan pena të zgjedhura, deri në mbylljen e saj në dhjetor të vitit 1944.
Regjimi komunist e arrestoi Dom Mikel Koliqin dhe e dënoi me 4 vjet burg. Në vitin 1953 ai u internua dhe më pas u dënua përsëri me 15 vjet burg. Kaloi kështu 38 vjet të jetes së tij në burg dhe në internime, në kampe, në pune me lodhje te rënda, por megjithate diti ta kaloje jeten përmes vuajtjes , duke duruar dhe duke falur. Me ardhjen e demokracisë në Shqiperi Mikel Koliqi mori titullin "Monsinjor", dhe u dekorua me titullin "Pishtar i demokracisë", ndërsa mbajti detyrën e famulltarit te Shkodrës deri në vitin 1992.
Të shtunën e 26 nëntorit të vitit 1994, në sallën "Paolo IV", kryesuar nga Papa Gjon Pali I Dytë , u mblodh Konçistori, për emërimin e kardinalëve të rinj, ndërsa të nesërmen, në Bazilikën e Shën Pjetrit u zhvillua ceremonia e dytë, gjatë së cilës, të emëruarit merrnin unazën e kardinalit.
Gjatë ceremonisë, kardinalët e rinj iu gunjëzuan Papës. Dom Mikelin nuk e linte mosha e shëndeti, kështu që qëndroi i ulur në karrige dhe Papa do ta bekonte.
Por në atë moment do të ndodhte diçka e papritur; për herë të parë në historinë 2000 vjeçare të Kishës, një Papë u gjunjëzua para një Kardinali !!!
Të hënën, me 28 nëntor, Papa e priti në audiencë Kardinalin dhe njerëzit e tij. Mediat botërore i kushtuan vëmendje të veçantë emërtimit kardinal të Dom Mikelit, jo vetëm si kardinal i parë nga Shqipëria, por edhe si 92 vjeçar. Por Dom Mikeli qëndroi gjithnjë i njëjti person, me thjeshtësinë e njeriut të madh, që e karakterizoi gjithë jetën. Ai tha: "Papa më ka zgjedhur mua për kardinal se isha më i moshuari" dhe "titullin e kardinalit e ka marrë gjithë Shqipëria."
Në Shqipëri u bënë festimet e rastit, për kardinalin, ai mori pjesë me thjeshtësinë e tij të zakonshme. Populli e duartrokiti me zjarr dhe dëgjoheshin thirje nga turma, Dom Mikel, Dom Mikel...!!!
Shëndeti i tij u keqësua, dhe me gjithë kujdesjet e mëdha, nuk pati përmirësime. Me 25 dhjetor të vitit 1996 Presidenti i asaj kohe, Sali Berisha shkoi në shtëpine e tij dhe i dorëzoi dekoratën e lartë "Nderi i Kombit". I rrethuar me kujdesje të vazhdueshme dhe dashuri nga motra Margarita, nipi Berti, nusja Xhine, me 28 janar të vitit 1997 mbylli sytë përgjithmonë në shtëpine ku kishte lindur.
Në ceremoninë e varrimit të tij mori pjesë gjithë populli i Shkodrës. Morën pjesë edhe autoritetet më të larta të bashkisë katolike, të Shtetit Shqiptar dhe të qytetit të Shkodrës, përfaqësues të bashkive fetare dhe të shoqatave fetare humanitare. Papa dërgoi telegram ngushëllimi, kreut të konferencës Ipeshkvnore të Shqipërisë dhe Arqipeshkvit të Tiranës dhe të Durrësit, Imzot Rrok Mirditës.