Menjëherë pas doktoratës, Shuflaj iu vu punës për sistematizimin, mbledhjen dhe përshkrimin e dokumenteve mesjetare nga arkivat e qyteteve bregdetare dalmatinase për “Codex Diplomaticus”. Këtu lindën kontaktet e para të studiuesit të ri me lëndën e vëllimshme dhe të pahulumtuar që i takonte Shqipërisë. Në vitin 1902 Shuflaj mbrojti me sukses titullin Profesor në shkencat ndihmëse të historisë në Universitetin e Zagrebit me temën: Hrvatska i zadnja pregnuća istočne imperije pod žezlom triju Komnena (1075-1180). Në vitet 1902/3 u specializua në Vjenë në Österreichisches Institut für Geschichtsforschung për paleografi latine, diplomatikë, kronologji dhe notariat te profesorët e mirënjohur O. Redlicha dhe A. Dopscha. Po këtë vit u regjistrua te prof. K. Jireček për Studimet albanologjike në Kolegjin e Vjenës, studime këto që nuk arriti t’i përfundonte. Në vitin 1904 botoi studimin e habilitacionit me titull: Die Dalmatinische Privaturkunde.
Në vitet 1904-1908, Shuflaj punoi si asistent në Bibliotekën Kombëtare Szeczeny të Budapestit. Këtu u përball me albanologjinë hungareze dhe thelloi njohuritë në fushën e ballkanologjisë dhe sidomos të albanologjisë. Ai arriti të vendosë kontakte të shumta me intelektualë dhe shkencëtarë me famë botërore, kontakte këto që do t’i shfrytëzonte më vonë, gjatë gjithë punës së tij shkencore. Në Budapest, Shuflaj arriti që të botonte një numër të madh punimesh shkencore me vlera të jashtëzakonshme, në revista dhe gazeta të ndryshme. Në revistën Szazdok, botoi dy punime për mesjetën kroate, ku me argumente shkencore tregoi se dokumentet e Rabit të shek. XI dhe XII për mbretin kroat Zvonimir ishin false. Kjo gjë më vonë do t’i kushtonte shumë, sepse për këtë arsye do të shpallej tradhtar i popullit kroat. Në vitin 1908 ai u emërua profesor i rregullt për shkencat ndihmëse të historisë në Universitetin e Zagrebit. Së bashku me Thalocin dhe Jireçekun, në vitin 1913 dhe 1918, ai botoi kryeveprën Acta et diplomata res Albaniae mediae aetatis illustrantia, vol. I-II. Në vitin 1918, me kërkesën e tij, doli në pension, e pastaj botoi Die Kirchenzustände im vortürkischen Albanien.
Die Orthodoxe Durchbruchszone im Katholischen Damme. Ky ishte, në fakt, pjesa e tretë e Historisë së Shqipërisë, të cilën kishte planifikuar që ta shkruante në pesë vëllime së bashku me Thalocin dhe Jireçekun. Po këtë vit, botoi edhe studimin tjetër: Politische Schicksale des Themas Dyrrhachion. Në vitin 1920 vazhdoi botimet e tij me romanin Konstantin Balšić, me temë nga mesjeta shqiptare. E firmosi me pseudonimin Alba Limi. Në dhjetor të vitit 1920 Shuflaj u burgos dhe u dënua me tre vjet e gjysmë burg, të cilat i kaloi në Mitrovicën e Sremit. Në vitin 1924 botoi romanin fantastiko-shkencor: Na Pacifiku 2255 – metagenetički roman u četri knjige. Po këtë vit botoi edhe: Städte und Burgen Albaniens hauptsächlich während des Mittelalters. Veprimtarinë botuese në fushën e albanologjisë e vazhdoi me botime të tjera: Povijest sjevernih Arbanasa në Beograd, 1925 dhe Srbi i Arbanasi po në atë vit, kurse më 1926 botoi: Vjerske prilike u Albaniji kroz vjekove, Katolički Sjever i pravoslavni Jug u muslimanskoj državi.
Në vitin 1928, botoi librin me ese: Hrvatska u svijetlu svjetske historije i politike. Po këtë vit, u emërua profesor i rregullt në Universitetin e Budapestit, por për shkak se nuk i dhanë pasaportë, u detyrua ta refuzojë këtë emërim. Problemet me policinë ishin pjesë përbërëse e jetës së dr. Shuflaj-t. Sipas disa të dhënave më të reja të zbuluara në Arkivin Shtetëror Kroat në Zagreb, dr. Milan Shuflaj ishte njëri ndër shkencëtarët e rrallë në botë që u përcoll hap pas hapi nga policia, e madje jo vetëm ai, por edhe personat me të cilët kontaktonte, duke përfshirë këtu edhe anëtarët e familjes së tij të ngushtë dhe të gjerë. Një mbikëqyrje e tillë kishte filluar në fund të vitit 1922, gjë që mund të dëshmohet nga dokumentet arkivore. Fillimisht vëzhgohej vetëm ditën, ndërsa më vonë 24 orë pa ndërprerje. Për çdo të re nga mbikëqyrja i raportohej drejtpërdrejt kryeministrit Petar Zhivkoviç, e më vonë pasardhësit të tij Milorad Srshkiçi në Beograd dhe vetë Mbretit, në mënyrë që të kishin parasysh veprimtarinë dhe lëvizjet e shkencëtarit të madh.
Në vitin 1929 Akademia Vjeneze e Shkencave i propozoi Shuflajt që të vazhdonte vjeljen e lëndës arkivore për vazhdimin e botimit të Acta Albaniae vëllimet III-V. Këtë iniciativë e përkrahu edhe qeveria e Mbretërisë Shqiptare, e cila shprehu gatishmërinë e saj për të hequr shpenzimet për një ndërmarrje të tillë kaq serioze dhe të vlefshme. Shuflaj u ftua të vizitojë Shqipërinë. Pas shumë peripecish rreth marrjes së pasaportës, ai arriti në Shqipëri më 12 janar të vitit 1931. Në mbrëmjen e 18 shkurtit të viti 1931, aty rreth orës 20.15 minuta, në rrugën Dalmatinska nr. 6 (në Zagreb), Milan Shuflaj goditet për vdekje. Plagët ishin të rënda dhe ai vdiq të nesërmen, më 19 shkurt. Kishte vetëm një ditë që ishte kthyer nga Shqipëria, ku kishte qenë për vizitë disaditore. Vrasësit ishin Branko Zwerger, Lubomir Bellosheviqi dhe Stevo Veçerina. Ata deklaruan që kishin marrë urdhër nga Beogradi për të likuiduar dr. Shuflaj-n.
Jehona e vrasjes ishte e madhe. Reaguan me shkrimet e tyre “Tribuna” Romë, “Berliner Tagblat”, “New York Times”, “Frankfurter Zeitung”, “Arbënia” Tiranë, “Vullneti i Popullit” Tiranë etj. Me një memorandum të veçantë reaguan edhe kolosët e shkencës e të letrave, si Albert Einstein, Heinrich Mann, dr. Josef Bajza, dr. Max Hildebert Boehm, dr. Karl Fritzler, dr. Zenon Kuziela, dr. Martin Spahn, dr. Branimir Jeliq, Josip Milkoviq, Lumo Skëndo, Faik Konica, si dhe Ligue Internationale des Droits des L’Homme, Federation Universitaire Internationale. Kështu, me vdekjen e Shuflaj-t, albanologjia humbi njërin nga mbështetësit kryesorë që kishte në atë kohë, studimet e të cilit edhe sot e kësaj dite janë me vlera të larta dhe pothuajse të pazëvendësueshme.
Redaksia Online
(B.K/Shqiptarja.com)